Vykonanie auditov a certifikácia systémov obhospodarovania lesov podľa Slovenského systému certifikácie lesov s cieľom určiť zhodu systému obhospodarovania lesov s kritériami trvalo udržateľného obhospodarovania lesov definovaných v technických dokumentoch TD SFCS 1001:2014, TD SFCS 1002:2014 a TD SFCS 1003:2014 a ich neskorších revízií (ďalej len technických dokumentov) v regiónoch ZÁPAD (geograficky vylíšeného v hraniciach Bratislavského, Trnavského, Nitrianskeho, Trenčianskeho a časti Žilinského samosprávneho kraja); SEVER (geograficky vylíšeného v hraniciach Žilinského samosprávneho kraja); STRED (geograficky vylíšeného v hraniciach Banskobystrického samosprávneho kraja) a VÝCHD (geograficky vylíšeného v hraniciach Košického a Prešovského samosprávneho kraja) so zohľadnením hraníc obhospodarovaných majetkov účastníkov certifikácie. Regióny sú vytvorené a riadené objednávateľom.

Certifikácia lesov podľa schémy PEFC je v štátnom podniku zavedená od r. 2006. Na drevnú hmotu pokrytú certifikátmi PEFC je nastavený reťazec spracovateľov dreva a spotrebiteľov certifikovaných výrobkov z dreva. LESY SR, š.p. zabezpečuje proces certifikácie aj pre 121 iných obhospodarovateľov lesov v SR zahrnutých v tejto regionálnej certifikácii, ktorí sú so štátnym podnikom v zmluvnom vzťahu.